OAI-PMH

Eine weitere Schnittstelle, die insbesondere für metadata harvesting-Prozesse geeignet ist, stellt DeepGreen mit einer OAI-PMH-konformen An-/Abfragemöglichkeit zur Verfügung (siehe Open Archives Initiative (dt.)). Diese Art der Metadaten-Abfrage kann über die Web-Adresse https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/ angesprochen werden, z.B. mit dem Kommando curl in einer Shell (bash, tcsh, etc.):

$ curl -s https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/...

Dabei können (müssen!) die ... noch ersetzt werden durch die zwei möglichen Aufrufvarianten all oder repo der DeepGreen-OAI-PMH-Schnittstelle. Wie üblich, seien im Folgenden mit GET stets die oben angegebene, komplette curl-Zeile gemeint:

• Aufruf : GET /all

  Liste aller erfolgreich zugestellten Notifikationen

  GET /all[?<params (i.e. oai_verb + params)>]
  

• Aufruf: GET /repo

  Liste der zugestellten Notifikationen einer Einrichtung

  GET /repo/<repo_id>[?<params (i.e. oai_verb + params)>]
  

Als illustratives Beispiel sei die Identifikation der DeepGreen-OAI-PMH-Schnittstelle wiedergegeben:

$ curl -k -s https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/all?verb=Identify | xml_pp
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<OAI-PMH xmlns="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
  <responseDate>2018-08-17T10:47:33Z</responseDate>
  <request verb="Identify">http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/all</request>
  <Identify>
    <repositoryName>DeepGreen Prototype OAI-PMH Endpoint</repositoryName>
    <baseURL>http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/all</baseURL>
    <protocolVersion>2.0</protocolVersion>
    <adminEmail>***</adminEmail>
    <earliestDatestamp>2018-05-19T08:47:33Z</earliestDatestamp>
    <deletedRecord>transient</deletedRecord>
    <granularity>YYYY-MM-DDThh:mm:ssZ</granularity>
  </Identify>
</OAI-PMH>

Hierbei ist zu beachten, dass der frühstmögliche Zeitstempel (earlierstDatestamp) immer in etwa „-3 Monate“ vom Aufrufdatum (responseDate) beträgt, da DeepGreen Artikeldaten stets nur solange aktuell und somit vorrätig hält (moving wall-Prinzip).

Metadaten von DeepGreen erhalten

Es sei hier noch einmal ausdrücklich darauf hingewiesen, dass die OAI-PMH-Schnittstelle von DeepGreen ausschließlich nur Metadaten anbietet. Die Auslieferung von Volltexten über OAI-PMH ist (und wird auch zukünftig!) nicht vorgesehen.

Der übersichlichkeithalber seien nun kurz die gebäuchlichsten OAI-Verben, die von DeepGreen unterstützt werden, gelistet:

Mögliche Parameter bei OAI-Verben von DeepGreen

GET <hhtp-Adresse/...>?verb=Identify
#
# Dieses OAI-Verb hat keine weiteren Parameter
#

GET <http-Adresse/...>?verb=[ListIdentifiers|ListRecords]&from=<YYYY-MM-DD>
#
# Angabe optional; bestimmt, von wann ab die Notifikationen gelistet werden
#

GET <http-Adresse/...>?verb=[ListIdentifiers|ListRecords]&until=<YYYY-MM-DD>
#
# Angabe optional, gibt ein (maximales) Enddatum an, bis wohin die Notifikationen gelistet werden
#

GET <http-Adresse/...>?verb=GetRecord?identifier=<oai_id>
#
# Angabe erforderlich; gibt für dieses OAI-Verb den bestimmen Datensatz an, der geholt werden soll
#

Bei allen OAI-Verben, die einen oder mehrere Datensätze zurückliefern, muss zusätzlich der Parameter ...&metadataPrefix=oai_dc angehängt werden. Sofern es also für ein OAI-Verb sinnvoll (oder vorgeschrieben) ist, werden mit dem &-Zeichen mehrere Parameter verbunden.

Der http-Header Rückgabewert ist bei allen OAI-Anfragen (gemäß der OAI-PMH-Spezifikation) stets 200 OK:

• http-Header Rückgabewert

  Code	Beschreibung
  200 OK	HTTP 1.1 200 OK Content-Type: text/xml; charset=utf-8 [XML response to OAI-PMH request; either content (e.g. list of records) or error message]

Beispiele für die Benutzung der OAI-PMH-Schnittstelle

Exemplarisches Ergebnis eines OAI-PMH-Aufrufs (mit fiktiver Konto-Nummer 1234567890 ; die Notifikations-IDs sind ausgesternt):

#
#  ListIdentifiers
#
$ curl -k -s "https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890?verb=ListIdentifiers&metadataPrefix=oai_dc" | xml_pp
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<OAI-PMH xmlns="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
  <responseDate>2018-08-20T12:03:31Z</responseDate>
  <request metadataPrefix="oai_dc" verb="ListIdentifiers">http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890</request>
  <ListIdentifiers>
    <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
      <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
      <datestamp>2018-08-03T07:56:26Z</datestamp>
    </header>
    <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
      <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
      <datestamp>2018-07-04T12:41:44Z</datestamp>
    </header>
    <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
      <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
      <datestamp>2018-06-18T13:39:04Z</datestamp>
    </header>
  </ListIdentifiers>
</OAI-PMH>

Ein weiteres Beispiel mit konkreten Datensätzen. Anhand der Notifikations-IDs (hier ausgesternt) könnten die berechtigten Repositorien die Artikel ggf. über die Web-API von DeepGreen beziehen:

#
#  ListRecords
#
$ curl -k -s "https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890?verb=ListRecords&metadataPrefix=oai_dc" | xml_pp
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<OAI-PMH xmlns="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
  <responseDate>2018-08-20T12:24:10Z</responseDate>
  <request metadataPrefix="oai_dc" verb="ListRecords">http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890</request>
  <ListRecords>
    <record>
      <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
        <datestamp>2018-08-10T08:29:00Z</datestamp>
      </header>
      <metadata xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <oai_dc:dc xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
          <dc:title>Healthcare IT Utilization and Penetration among Physicians: Novel IT Solutions in Healthcare – Use and Acceptance in Hospitals</dc:title>
          <dc:publisher>S. Karger AG</dc:publisher>
          <dc:identifier>issn:0014-312X</dc:identifier>
          <dc:identifier>issn:1421-9921</dc:identifier>
          <dc:identifier>doi:10.1159/000490241</dc:identifier>
          <dc:creator>Ferdinand Vogt</dc:creator>
          <dc:creator>Fritz Seidl</dc:creator>
          <dc:creator>Giuseppe Santarpino</dc:creator>
          <dc:creator>Martijn van Griensven</dc:creator>
          <dc:creator>Martin Emmert</dc:creator>
          <dc:creator>Guenther Edenharter</dc:creator>
          <dc:creator>Dominik Pförringer</dc:creator>
          <dc:contributor>eDepartment of Anaesthesiology, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>bDepartment of Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>bDepartment of Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany; cDepartment of Experimental Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>aDepartment of Cardiac Surgery, Klinikum Nürnberg, Paracelsus Medical University, Nuremberg, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>cDepartment of Experimental Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>dInstitute of Management (IFM), School of Business and Economics, Friedrich Alexander University Erlangen-Nuremberg, Nuremberg, Germany</dc:contributor>
          <dc:date>2018-07-26T00:00:00Z</dc:date>
          <dc:rights>Alliance License DFG</dc:rights>
          <dc:subject>Original Paper</dc:subject>
          <dc:subject>Health monitoring</dc:subject>
          <dc:subject>Information technology</dc:subject>
          <dc:subject>Physicians</dc:subject>
          <dc:subject>Demand</dc:subject>
          <dc:subject>Outlook</dc:subject>
          <dc:subject>Expectations</dc:subject>
          <dc:subject>Data storage</dc:subject>
          <dc:subject>Healthcare IT</dc:subject>
        </oai_dc:dc>
      </metadata>
    </record>
    <record>
      <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
        <datestamp>2018-08-10T08:34:06Z</datestamp>
      </header>
      <metadata xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <oai_dc:dc xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
          <dc:title>Gastrointestinal Stromal Tumors: Clinical Symptoms, Location, Metastasis Formation, and Associated Malignancies in a Single Center Retrospective Study</dc:title>
          <dc:publisher>S. Karger AG</dc:publisher>
          <dc:identifier>issn:0257-2753</dc:identifier>
          <dc:identifier>issn:1421-9875</dc:identifier>
          <dc:identifier>doi:10.1159/000489556</dc:identifier>
          <dc:creator>Ali Aghdassi</dc:creator>
          <dc:creator>Agnes Christoph</dc:creator>
          <dc:creator>Frank Dombrowski</dc:creator>
          <dc:creator>Paula Döring</dc:creator>
          <dc:creator>Christoph Barth</dc:creator>
          <dc:creator>Jan Christoph</dc:creator>
          <dc:creator>Markus M. Lerch</dc:creator>
          <dc:creator>Peter Simon</dc:creator>
          <dc:contributor>aDepartment of Medicine A, University Medicine Greifswald, Greifswald, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>dChair of Medical Informatics, Friedrich-Alexander-University Erlangen-Nürnberg, Erlangen, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>cGastroenterologische Praxis, Kempten, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>bInstitute of Pathology, University Medicine Greifswald, Greifswald, Germany</dc:contributor>
          <dc:date>2018-06-05T00:00:00Z</dc:date>
          <dc:rights>Alliance License DFG</dc:rights>
          <dc:subject>Stomach and Duodenum: Original Paper</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal stromal tumor</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal oncology</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal symptoms</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal tract</dc:subject>
          <dc:subject>Metastasis</dc:subject>
          <dc:subject>Recurrence</dc:subject>
        </oai_dc:dc>
      </metadata>
    </record>
  </ListRecords>
</OAI-PMH>